A l’âge de 18 ans, il signe son premier contrat professionnel avec l’EA Guingamp et fait ses débuts avec sa nouvelle formation le 11 mai 2007 lors d’un match en National contre le Tours FC (3-1). Il obtient sa première titularisation le Créteil. Le , il remporte avec Guingamp la Coupe de France sur le score de 2 buts à 1 face au Stade Rennais. Durant la saison 2010-2011, Bakary Koné contribue fortement à la montée de l’EA Guingamp en Ligue 2. Ses nombreuses qualités tant défensives qu’offensives sont dès lors mises en exergue.
C’est ainsi qu’il attire les convoitises des plus grands clubs, l’Olympique Lyonnais en tête. Durant la période estivale 2011, il signe un contrat de 5 ans avec le club lyonnais. Quel beau destin : Bakary passe du Roudourou au Stade de Gerland, de la Ligue 2 à la Ligue 1 et même à la Ligue des Champions. Une réelle fierté pour l’EA Guingamp et on ancien entraîneur Jocelyn Gourvenec : « C’est un très bon élément. Un joueur très professionnel et très impliqué dans son métier. Quand on est compétiteur, plus on grimpe, plus c’est dur. Il a les arguments. Il s’entraîne tout le temps, il a un potentiel athlétique hors-norme». Arrivé à l’OL sur la pointe des pieds, Bakary Koné, le numéro 4 rhodanien, bénéficiant des forfaits de Cris et John Mensah, débute avec ses nouveaux coéquipiers dès le lendemain de son arrivée contre l’AC Ajaccio. Le match se termine sur un score de parité (1-1). Dès lors, Bakary engrange du temps de jeu et prouve qu’il a tout d’un titulaire indiscutable. Il s’impose, au fur et à mesure, comme étant incontournable chez les Gones.
Ainsi, le , il participe à son premier match de Ligue des champions face au club russe du Rubin Kazan pour le match aller des barrages de la compétition. Pour son premier match, Bakary Koné et son équipe s’imposent sur le score de 3-1. Lors du match retour, le , il marque même son premier but sous les couleurs lyonnaises à la 87e minute sur un corner. La victoire, 1-2, permet à Lyon de se qualifier. Toujours en Ligue des Champions, le 27 septembre 2011, il marque dès la deuxième journée face au Dinamo Zagreb à la 42e minute de jeu. Au match retour le 7 décembre 2011, Bakary Koné participe à la victoire exceptionnelle de l’OL sur la pelouse du Dinamo Zagreb. Grâce à un score de 1-7, les lyonnais reprennent contre toute attente la seconde place de leur groupe à la différence de buts et accèdent aux huitièmes de finale pour la 9e année consécutive. Bon de la tête, il est à l’origine de plusieurs buts au sein de l’équipe lyonnaise comme en témoigne ces vidéos :
Fin août 2015, Bakary Koné, qui n’entre plus dans les plans du club rhodanien, se déplace à Londres pour signer un contrat avec le Fulham FC. Malgré un premier accord entre les deux parties, le club anglais fait volte-face et décide, contre toute attente, de ne pas l’engager. Cette péripétie ubuesque engendre les foudres du mythique président de l’OL Jean-Michel Aulas qui n’hésite pas à régler ses comptes avec le club anglais tout e lançant un pic envers les journalistes.
http://sports.orange.fr/videos/football/mercato/aulas-regle-ses-comptes-avec-fulham-pour-kone-VID0000001WssG.htmlAlors qu’il reste sur la liste des transferts depuis plus d’un an, Bakary Koné trouve enfin un point de chute : le défenseur central burkinabé quitte la Ligue 1 et rejoint Málaga FC pour 800 000 euros. Le 27 juin 2016, il s’engage avec l’ambitieux club espagnol qui joue la première partie de tableau. L’international burkinabé découvre ainsi un nouveau championnat, après dix années en France. Toutefois, son expérience andalouse tourne court. En effet, après avoir disputé sept matches de Liga, il se blesse au Talon d’Achille, blessure qui nécessite une opération visant à retirer des calcifications de son tendon. Clap de fin pour l’expérience espagnole de Bakary Koné.
Au niveau international, il participe à la Coupe d’Afrique des nations 2010 avec le Burkina Faso. Malgré de grands espoirs en phase qualificative, l’équipe sort prématurément de la compétition en terminant à 3e place du groupe B. Toujours engagé pour la CAN 2012, Bakary Koné et son équipe réitère une nouvelle élimination à l’instar de celle de 2010. Pour l’édition de 2013, il est à nouveau sélectionné avec les Etalons du Burkina. Titulaire indéniable, il fait partie des cadres de l’équipe. Cette fois-ci, ce n’est plus la même donne puisque le Burkina Faso se qualifie pour les quarts et termine d’ailleurs à la première place de son groupe à égalité de points avec le Nigeria. L’équipe atteint la finale après avoir battu le Ghana au tirs au but. Lors de cette séance, Bakary Koné est le premier tireur à s’élancer et donne l’avantage à son équipe. Les Etalons du Burkina échouent toutefois lors de cette finale contre le Nigeria. Pour l’anecdote, l’ensemble de l’équipe reçoit un accueil triomphal à son retour au pays. Le , il est fait officier de l’ordre national burkinabé grâce aux résultats obtenus lors de cette compétition. Pour la CAN 2015, le Burkina Faso est opposé au Gabon, au Congo et à la Guinée Equatoriale (pays organisateur) dans le groupe A. Bakary Koné dispute l’intégralité des matchs en tant que titulaire en défense central. Son équipe terminera à la seconde place du groupe.
